El códice Huichapan consta de 68 páginas plasmadas en 34 folios de papel europeo, está empastado en pergamino y se encuentra dividido en cuatro secciones temáticas.

La primera consta de siete páginas y corresponde a los anales de Huichapan (1539-1618 y 1629-1632) escritos en otomí y organizados alfabéticamente. La segunda, de dos páginas, es una nómina de los pueblos de la provincia de Jilotepec, con doce signos pictóricos acompañados por glosas en otomí. La tercera, también de dos páginas, registra un calendario que se divide en cuatro columnas: de izquierda a derecha, la primera columna corresponde a los meses cristianos, después los signos del zodiaco, los meses en náhuatl y al final en otomí. La cuarta sección consta de 55 páginas y narra la historia del señorío de Jilotepec, del año 2 caña (1403) hasta 10 pedernal (1528).

Si bien este códice es atribuido a Juan de San Francisco, un noble otomí del pueblo de Huichapan, Alfonso Caso identificó durante su estudio la firma de fray Felipe de Santiago en el reverso de una de las pastas. Data del siglo XVII y se encuentra resguardo en la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia, Dr. Eusebio Dávalos Hurtado. Conócelo en la Mediateca INAH.

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